Povzročitelj klopnega virusnega encefalitisa spada v rod flavivirusov. Virion je okrogel, premera 40–50 nm, vsebuje RNA in se dobro razmnožuje v številnih tkivnih kulturah. Od laboratorijskih živali so na virus najbolj občutljive bele miši, hrčki, opice in bombažne podgane. Tudi številne domače živali so dovzetne za virus klopnega encefalitisa.