Krimska hemoragična mrzlica se razlikuje od drugih hemoragičnih mrzlic, gripe, leptospiroze, meningokokemije, tifusa, kirurških bolezni s sindromom "akutnega trebuha"; pa tudi od trombocitopenične purpure (Werlhofova bolezen) z značilnim subakutnim začetkom, odsotnostjo temperaturne reakcije, hemoragičnim izpuščajem od majhnih petehij do velikih ekhimoz na upogibnih površinah okončin, trupa, pogostimi krvavitvami iz nosu in drugimi krvavitvami, hipokromno anemijo, levkocitozo, trombocitopenijo in odsotnostjo sprememb v srčno-žilnem sistemu.