Vsi probiotiki so razdeljeni v več skupin, odvisno od tega, na čem temelji klasifikacija. Probiotik lahko vsebuje več komponent, v zvezi s tem ločimo monokomponentne pripravke, ki imajo le eno specifično vrsto bakterij. Ti mikroorganizmi so nedvomno koristni za črevesje, zlasti za mikrofloro.